Dalla primavera del 1999 il Museo di Trento è diventato una sezione del Museo Tridentino di Scienze Naturali, ente funzionale della Provincia autonoma di Trento, con la nuova denominazione di “Museo G. Caproni aeronautica scienza e innovazione”.
Questa nuova veste sta a significare che il Caproni non è più soltanto un museo aeronautico, perché alla prestigiosa collezione permanente è affiancata una sezione dedicata a mostre temporanee a carattere scientifico, con particolare attenzione alla didattica rivolta alle scuole di tutte le età.
Ogni anno vengono organizzate mostre interattive, manifestazioni aeree e aeromodellistiche e strette collaborazioni con vari enti aeronautici e scientifici per mantenere il museo attivo e protagonista.
Dal 2000 il Museo Caproni aderisce alla rete europea EAPC (European Aviation Preservation Council), di cui organizzerà la riunione annuale nell’autunno 2004.